Cấu trúc không gian của quần thể được hiểu là sự chiếm cứ không gian  của  các  cá  thể.  Các  cá  thể  của  quần  thể  phân  bố  trong  không  gian theo 3 cách: phân bố đều, phân bố theo nhóm (hay điểm) và phân bố ngẫu nhiên.

Phân bố đều: Gặp ở những nơi môi trường đồng nhất (nguồn sống phân  bố  đồng  đều trong vùng phân bố)  và  sự cạnh tranh về  không  gian giữa các cá thể rất mạnh hoặc tính lãnh thổ của các cá thể rất cao.

Phân bố ngẫu nhiên: Gặp trong trường hợp khi môi trường đồng nhất, hoặc các cá thể không có tính lãnh thổ cao, cũng không có xu hướng hợp lại với nhau thành nhóm.

Phân  bố  theo  nhóm  rất  thường  gặp  trong  thiên  nhiên  khi  môi trường không đồng nhất và các cá thể có khuynh hướng tụ tập lại với nhau thành nhóm hay thành những điểm tập trung. Đây là hình thức phân bố phổ biến trong tự nhiên.

2. Sự tụ họp, nguyên lý Allee và vùng an toàn.

Trong cấu trúc nội tại của hầu hết các quần thể ở những thời gian khác nhau thường xuất hiện những nhóm cá thể có kích thước khác nhau, tạo nên sự tụ họp của các cá thể. Điều này có liên quan đến những nguyên nhân sau:

+ Do sự khác nhau về điều kiện môi trường cục bộ của nơi sống.

+ Do ảnh hưởng của sự biến đổi điều kiện thời tiết theo ngày đêm hay theo mùa.

+ Liên quan đến quá trình sinh sản của loài .

+ Do tập tính xã hội ở các động vật bậc cao.

Sự tụ họp có thể gia tăng tính cạnh tranh giữa các cá thể về chất dinh  dưỡng,  thức  ăn  hay  không  gian  sống,  song  những   hậu  quả  không thuận lợi đó lại được điều hoà cân bằng là nhờ chính sự quần tụ tạo điều kiện sống sót cho cả nhóm nói chung.

Mức độ tụ họp cũng như mật độ lớn mà trong đó sự tăng trưởng và sự sống sót của các cá thể đạt được tối ưu (optimum) lại thay đổi ở những loài khác nhau và trong những điều kiện khác nhau. Vì thế sự “thưa dân” (không có tụ họp) hay “quá đông dân” đều gây ra những ảnh hưởng giới hạn. Đó chính là nguyên lý Allee.

Dạng tụ họp đặc biệt gọi là sự “hình thành vùng cư trú an toàn”. Ở đây những nhóm động vật có tổ chức xã hội thường cư trú ở phần trung tâm thuận lợi nhất, từ đó chúng toả ra vùng xung quanh để kiếm ăn hay để thoả mản các nhu cầu khác rồi lại trở về trung tâm. Một số trong những loài  động  vật  thích  nghi  nhất  với  các điều  kiện sống  trên  mặt  đất  đã  sử dụng chiến lược này, trong đó gồm cả sáo đá và con người (Odum, 1983).

Ở thực vật sự tụ họp liên quan chủ yếu đến sự khác biệt về điều kiện  sống,  những  biến  đổi  về  thời  tiết  hay  sinh  sản.  Trong  điều  kiện  tụ họp, thực vật chống chọi với gió to, sóng lớn, giảm sự thoát hơi nước, duy trì nguồn lá rụng làm “phân bón” khi bị phân huỷ, tuy nhiên trong sự tụ họp các cá thể phải chia sẻ muối khoáng, ánh sáng. ở động vật, hậu quả của sự tụ họp là nạn ô nhiễm do chất tiết, chất thải từ chúng, song mặt lợi được đền bù là sự bảo vệ, chống chọi với kẻ thù tốt hơn, nhiều loài (ví dụ như cá) sống ổn định hơn trong hoàn cảnh nước bị nhiễm độc nhờ sự trung hoà của chất tiết và chất nhày từ cá.

Nhiều loài chim sống đàn không thể sinh sản có kết quả nếu như chúng sống thành nhóm quá nhỏ (Darling, 1983). W.C. Allee cũng chỉ ra rằng, sự hợp tác nguyên thuỷ (tiền hợp tác) như thế còn gặp ở nhiều loài động vật bắt đầu có tổ chức xã hội sơ khai và đạt tới mức hoàn thiện ở xã hội loài người.

3. Sự cách ly và tính lãnh thổ

Những yếu tố đưa đến sự cách ly hay sự ngăn cách của các cá thể, các cặp hay những nhóm nhỏ của một quần thể trong không gian là do:

+ Sự cạnh tranh về nguồn sống ít ỏi giữa các cá thể

+ Tính lãnh thổ, kể cả những phản ứng tập tính ở động vật bậc cao hay những cơ chế cách ly về mặt hoá học (chất kháng sinh...) ở thực vật, vi sinh vật, động vật bậc thấp.

Trong  cả  2  trường  hợp  đều  đưa  đến  sự  phân  bố  ngẫu  nhiên  hay phân bố đều của các cá thể trong không gian. Vùng hoạt động của các cá thể,  của  một  cặp  hay  một  nhóm  gia  đình  động  vật  có  xương  sống  hay không xương sống bậc cao thường bị giới hạn về không gian. Không gian đó được gọi là phần “đất” của gia đình hay cá thể. Nếu phần đất này được bảo  vệ  nghiêm  ngặt,  không  chồng  chéo  sang  phần  của  “láng  giềng”  thì được gọi là lãnh thổ.

Tính lãnh thổ được bộc lộ rõ nét ở động vật có xương sống, một số chân khớp (Arthropoda) có tập tính sinh sản phức tạp, xuất hiện khi xây tổ đẻ trứng và bảo vệ con non.

Ngược với sự tụ họp, sự cách ly của các cá thể trong quần thể có thể làm giảm cạnh tranh về nguồn sống thiết yếu hoặc đảm bảo những cái cần cho những chu kỳ sinh sản phức tạp (ở chim). Trong thiên nhiên cách sống tụ họp và cách ly xuất hiện ngay trong các cá thể của quần thể và biến đổi phụ thuộc vào hoạt động chức năng cũng như các điều kiện khác nhau ở từng giai đoạn của chu kỳ sống. Ví dụ, cách ly lãnh thổ trong khi sinh sản, họp đàn trong trú đông, trong săn mồi.

Ở những nhóm tuổi khác nhau hay khác nhau về giới tính, các cá thể cũng chọn cách sống khác nhau, chẳng hạn như con non thích sống tụ họp, con trưởng thành thích sống cách ly.